Es Doctor en Matemáticas por la Universidad de Granada y ha ocupado las cátedras de Economía Aplicada en la Universidad de Sevilla y de Lenguajes y Sistemas Informáticos en la Universidad de Málaga. Durante su paso por este último centro, puso en funcionamiento las titulaciones de Licenciado en Informática e Ingeniero de Telecomunicaciones.

Francisco Andrés Triguero ha formado parte del Consejo Andaluz de Universidades en representación del Parlamento de Andalucía, siendo actualmente el Director General de Universidades de la Consejería de Innovación, Ciencia y Empresa por la Junta de Andalucía, desde 2004.